Il raid più distruttivo avvenne il 5 settembre 1944. Quella che era iniziata come una giornata di fine estate calda e senza vento finì in una catastrofe. Alle 18:00 suonarono le sirene del raid aereo, un avvertimento familiare per gli abitanti di Emden. Pochi minuti dopo scoppiò il caos. Nel corso di un bombardamento di venti minuti, gli aerei alleati sganciarono in più ondate circa 1.500 bombe ad alto esplosivo, 10.000 bombe incendiarie e 3.000 bombe al fosforo.
La distruzione fu travolgente. Il centro storico di Emden fu ridotto in cenere. Cinquecento anni di patrimonio architettonico andarono persi in pochi minuti. Solo nel seminterrato di una scuola furono uccisi 63 bambini. Altre centinaia di civili persero la vita durante la campagna di bombardamenti. La città, un tempo elogiata come la "Venezia del Nord", si trasformò in una terra bruciata.
Molti residenti sopravvissero grazie alla vasta rete di bunker costruita durante la guerra. Tuttavia, le cicatrici psicologiche e fisiche sarebbero rimaste a lungo dopo la fine del fumo.
Dopo la resa della Germania, il 5 maggio 1945, le forze canadesi entrarono a Emden. Il 6 maggio, un giovane soldato canadese di nome John MacLeoddegli Stormont, Dundas and Glengarry Highlandersentrò nella città devastata come parte della forza di occupazione. I canadesi rimasero solo per poche settimane prima che le truppe britanniche assumessero il controllo, ma la loro presenza segnò un capitolo finale poco conosciuto della storia bellica di Emden.
Sebbene Emden sia stata ricostruita nei decenni successivi, porta ancora i segni di un passato che non deve mai essere dimenticato.