In 1942 lag hij gewond in een ziekenhuis in Wenen. Na zijn herstel werd hij bevelhebber van een speciale SS-eenheid, getraind om bijzondere opdrachten uit te voeren. Zijn eerste opdracht was het bevrijden van de Italiaanse fascistische dictator Benito Mussolini in september 1944. Een jaar later kidnapte hij de zoon van een Hongaarse regent. Na diverse successen werd Skorzeny bevorderd tot luitenant-korporaal (Obersturmbannführer). In december 1944 kwam Skorzeny naar de Ardennen, waar hij zich aansloot bij het 6e Leger, dat onder bevel stond van Sepp Dietrich. Skorzeny stelde een speciale eenheid samen, de Panzer Brigade 150, waarmee hij Operatie Greif lanceerde.
Doel van deze operatie was niet alleen het veroveren van de Maasbruggen, maar ook verwarring te zaaien onder de geallieerde strijdkrachten en zo hun opmars te verhinderen. Skorzeny’s mannen opereerden onder valse vlag achter de vijandelijke linies. In totaal werden 44 Duitsers verkleed als Britse of Amerikaanse soldaat door de linies gestuurd, maar na enkele dagen van zware strijd waren ze allemaal ontmaskerd. Het doel van de operatie werd snel aangepast, waarna de Panzer Brigade 150 als gewone gevechtseenheid ging opereren.
Op 21 december mislukte Skorzeny’s poging om Malmédy in te nemen. Na de oorlog stond Skorzeny terecht als oorlogsmisdadiger, maar hij werd in 1947 vrijgesproken. Hij woonde daarna in Spanje en Egypte en stierf in Madrid op 5 juli 1975.