Er stond ook een grote munitiebunker met een drie meter dikke gewapend betonnen muren die ter camouflage was beschilderd met ramen en deuren zodat het op een huis leek. De bunker was het centrale munitiedepot voor de verdediging van het Widerstandnest 318, zoals dit Haagse hoofdkwartier in de Atlantikwall werd genoemd. In geval van vijandelijke dreiging of daadwerkelijke geallieerde landing op de kust zouden commandant Tzschoppe en de belangrijkste officieren van zijn staf de villa’s verlaten. Ze zouden hun werkzaamheden aan de overkant van de weg uitvoeren vanuit een bomvrije commandobunker van het type 608 (Bataillons-, Abteilungs- oder Regiments-Gefechtsstand, eingeschossig).
Deze bunker was eveneens uitgevoerd met muren van drie meter dik gewapend beton met ruimten voor een telefooncentrale, zend- en radioapparatuur en een Planraum vanwaar de coördinatie plaatsvond van de verdediging van de Stützpunktgruppe Scheveningen. Aan beide zijden van de commandobunker lagen twee bomvrije manschappenverblijven voor veertig manschappen. Verder lag er een bomvrije keukenbunker en een bronbunker waar vers grondwater werd opgepompt en opgeslagen. Daarnaast waren er onder de beschutting van de bomen nog enkele lichtere bunkers waaronder een toiletbunker.
Tegenover het verbunkerde hoofdkwartier ligt villa Windekind. In het begin van 1942 werd deze gevorderd door de bezetter, die er een afdeling van de gehate Sicherheitsdienst in onderbracht. Het werd een centraal punt voor de opsporing en het verhoor van ondergedoken Joden en hun helpers. Bij de verhoren werden onwillige verdachten in folterkamers in de onderbouw van Windekind zwaar mishandeld.
De beruchte Franz Fischer, één van de ‘Drie van Breda’, had nagenoeg carte blanche voor zijn werk bij de Sicherheitsdienst betreffende de opsporing en deportatie van Haagse Joden. Zijn specialiteit was het ‘U-boot Spiel’ waarbij de verhoorden in een badkuip langdurig onder water werden gehouden om bekentenissen of inlichtingen af te dwingen. Zijn fanatieke jacht op Joden leverde hem al snel de bijnaam ‘Juden Fischer’ (Jodenvisser) op. In de dubbele villa ernaast bevond zich een cartotheek met alle namen en adressen van Joden in Nederland.
Tegenwoordig is de commandobunker een museum. Vrijwilligers van de Stichting Atlantikwall Museum Scheveningen hebben voor een authentieke inrichting gezorgd en een experienceruimte in manschappenbunker gemaakt. Er zijn expositieruimtes met objecten die betrekking hebben op de Atlantikwall in Den Haag en er zijn uitrustingsstukken van de Duitse en geallieerde strijdkrachten te zien.