In de ochtend van 10 mei 1940 landden er in de naastgelegen Bonnepolder Duitse parachutisten en werden met vliegtuigen luchtlandingstroepen afgezet. Een navigatiefout, want ze hadden bij Den Haag terecht moeten komen om daar de Koningin en het kabinet gevangen te nemen. Een groep van ongeveer 130 Duitse soldaten groef zich aan de rand van het bos in, wachtend op nadere orders van hogerhand. De Nederlandse verdedigers beschoten hen met kanonnen vanaf het eiland Rozenburg en het oude Fort Maasmond. Ook ondernamen ze enkele grondaanvallen die de goed bewapende Duitse troepen echter wisten af te slaan. Na vijf dagen strijd capituleerde Nederland.
Kolonel Erich Neumann zwaaide de scepter over de Duitse militairen in de Festung Hoek van Holland. Hij was een fanatieke militair die zijn manschappen vaak liet oefenen. Het door de strijd gehavende bos kwam eind 1942 wéér in hun vizier. Aan de oostzijde vestigden ze er het hoofdkwartier van de Festung. In een ringvorm werden zeventien grote bunkers gebouwd. Ze dienden voor het onderbrengen van manschappen en munitie, maar er was ook een grote commandobunker en een hospitaalbunker met operatievoorzieningen. Ze waren beschilderd in verschillende camouflagepatronen en overdekt met grote netten. Tussen de bomen viel het grote complex uit de lucht niet op. Ook werden er een wasgebouw en een grote aula voor vrijetijdsactiviteiten uit metselwerk opgetrokken.
Na de oorlog nam de Koninklijke Marine de bunkers in gebruik als munitiedepot. Borden met opschrift ‘Gevaar Radioactieve Stoffen’ leidde tot het gerucht dat er kernkoppen zouden zijn opgeslagen. In de jaren 80 werd het munitiecomplex opgeheven en het bos overgedragen aan het Zuid-Hollands Landschap. Een bakstenen ingangspoort met wachthuisje bij de parkeerplaats aan de Staelduinlaan herinnert nog aan de aanwezigheid van het Nederlandse leger.
Het wasgebouw en de aula zijn in het begin van deze eeuw gesloopt. De andere bunkers zijn behouden en nu afgesloten, omdat ze deel uitmaken van een vleermuisreservaat. De beschermde zoogdiertjes overwinteren in het milde en vochtige klimaat in de bunkers en zijn gebaat bij rust. Je kunt vanaf de wandelpaden wel de buitenkant van de enorme met mos begroeide betonnen kolossen zien. Je ziet ze het beste in de winter zonder blad aan bomen, maar in de zomer is het juist mooi te zien hoe ze volledig opgaan in de natuur.
In de noordoostelijke hoek van het bos staat een tweede verbunkerd Duits hoofdkwartier. Deze was voor een hiërarchisch ondergeschikte compagnie en een stuk kleiner. De bunkers zijn alleen vanaf de weg door het hek te zien. Ongeveer in het midden van het bos ligt bezoekerscentrum d’Oude Koestal. Tijdens de oorlog vorderden de Duitsers de boerderij en stal. Op het hoge duin ernaast stond destijds een uitkijktoren van waar je over de bomen heen kon kijken naar de Nieuwe Waterweg. Er werd een luchtdoelkanon naast geplaatst.
In het uiterste westen van het bos staan een betonnen personeelsonderkomen en een garage voor anti-tankgeschut. Vlakbij liggen tussen het dichte struikgewas bakstenen bouwwerken verborgen voor manschappen, proviand, water en munitie. Ze hoorden bij een lichte veldbatterij. De Duitse kanonniers zouden tijdens een invasie vanuit het bos vuren op de stranden waar de landingsboten met geallieerde troepen zouden ontschepen, zo was de gedachte.