Op 14 oktober 1944 probeerden drie squadrons Engelse vliegtuigen de IJsselbruggen te vernietigen. Binnen een klein kwartier wierpen ze hun bommen af, maar de bruggen werden nauwelijks geraakt. Bijna alle bommen vielen in de stad, met verwoestende gevolgen en circa 100 doden. Ook het prachtige stationsgebouw moest het ontgelden. Het huidige gebouw is een wederopbouwstation uit 1952 en heeft inmiddels de status van rijksmonument.
Noorderhaven
Tijdens het bombardement van 14 oktober 1944 had de omgeving van het station al zwaar te lijden. De kantoren en pakhuizen van de firma Reesink & Co, die schuin achter het station lagen, werden zwaar beschadigd of verwoest. Tijdens de bevrijding van Zutphen, op 6 en 7 april 1945, werd er hevig gevochten rondom de industriële gebouwen. Na de terugtrekking van de Duitsers naar De Hoven kregen deze gebouwen nog een week lang meerdere voltreffers van granaten te verwerken.