Met de contacten van Agterkamp vertrekken de vliegeniers een paar dagen later via Zutphen met de trein naar Amsterdam. In Leiden worden de vliegeniers toch nog opgepakt en gevangen genomen. Door verraad binnen de verzetsgroep worden ook Besselink en Agterkamp gearresteerd en ondergebracht in het Oranjehotel. Beiden worden ter dood veroordeeld en op 17 november 1941 gefusilleerd in de duinen bij Bloemendaal.
Over de executie
Martin Schouten is een neef van Jan Agterkamp. Hij schrijft op 20-11-1996 in de Volkskrant: ‘Mijn moeder vertelde me ooit van een predikant die bij ze was geweest op de dag van de executie en volgens die dominee was oom Jan toen opgewekt, echt bereid om te sterven, maar toen kwam er bericht dat de executie werd uitgesteld en toen was hij helemaal teleurgesteld. Een week later was het weer zover en toen ging de executie wel door, maar toen was hij niet meer zo opgewekt...’