Veel Duitse militairen zijn in de laatste dagen voor de bevrijding via Harlingen gevlucht naar Noord-Holland, dat onderdeel was van “Festung Holland”. Dat gebeurde te voet en met rij- en voertuigen via de Afsluitdijk, maar ook met schepen via de haven van Harlingen.
Na de capitulatie van Nazi-Duitsland werd de haven gebruikt om Duitse krijgsgevangenen uit Noord-Holland naar Duitsland af te voeren. Friesland lag op de route. Van de circa 140.000 krijgsgevangen werden er op 21 mei ongeveer 25.000 met schepen en landingsvaartuigen vanuit Den Helder naar Harlingen overgebracht.
Het merendeel van de krijgsgevangenen werd vanaf 25 mei 1945 tot en met 5 juni 1945 in grote groepen over de Afsluitdijk naar Friesland geleid onder escorte van Canadese eenheden. In het gebied tussen Zurig, Witmarsum en Pingjum werd er een rustpauze ingelast. Daarna werd de voettocht hervat via Bolsward, Sneek, Akkrum, Beetsterzwaag, Siegerswoude en Bakkeveen richting Duitsland.
De Harlinger haven werd ook gebruikt om Nederlandse collaborateurs, die naar Terschelling waren gevlucht, door te sturen naar de verschillende interneringkampen. Zo werd op deze plek werd ook de naar Terschelling gevluchte NSB-burgemeester van Harlingen P.J.E. Dekker, weer aan wal gebracht.