Les premiers prisonniers, transportés depuis Dachau, arrivent à Flossenbürg le 3 mai 1938. À la fin de l'année 1938, le camp comptait près de 1 500 prisonniers et, à la fin de l'année 1939, environ 1 000 prisonniers politiques, allemands pour la plupart, s'y sont ajoutés. La population du camp a continué de croître, avec l'arrivée d'environ 1 500 prisonniers polonais en 1941, dont beaucoup appartenaient à la résistance polonaise. À la fin de l'année 1941, Flossenbürg incarcère environ 3 150 prisonniers, ainsi que 1 750 prisonniers de guerre soviétiques.
Le travail forcé était un aspect central de la vie à Flossenbürg. Les prisonniers travaillaient à la construction du camp, à la carrière de granit voisine et, plus tard, à la production d'armements. Les dures conditions de travail, combinées à une alimentation inadéquate, aux soins médicaux et aux maladies, ont entraîné des taux de mortalité élevés. En février 1943, le camp comptait plus de 4 000 prisonniers et en mars 1945, près de 53 000 prisonniers se trouvaient dans le système de camps de Flossenbürg, dont environ 14 500 dans le camp principal.
Le camp a été le théâtre de nombreuses atrocités, notamment des fusillades et des exécutions massives. Plus de 1 000 prisonniers de guerre soviétiques ont été fusillés à la fin de l'année 1941 et, en 1944, 40 prisonniers de guerre soviétiques identifiés comme chefs de file d'une révolte ont été assassinés. En avril 1945, plusieurs prisonniers importants liés à la conspiration du 20 juillet 1944 contre Hitler sont exécutés, notamment l'amiral Wilhelm Canaris, le major-général Hans Oster et le pasteur Dietrich Bonhoeffer.
À l'approche des forces alliées, les SS commencent à évacuer les prisonniers de Flossenbürg à la mi-avril 1945. Des milliers de personnes meurent au cours de ces marches forcées, soit d'épuisement, soit de faim, soit d'exécution. Les 358e et 359e régiments d'infanterie américains libérèrent Flossenbürg le 23 avril 1945, trouvant un peu plus de 1 500 prisonniers restants. On estime que 30 000 prisonniers sont morts à Flossenbürg et dans ses sous-camps ou sur les routes d'évacuation.
Aujourd'hui, le site du mémorial de Flossenbürg est un lieu de mémoire et d'éducation. Il comprend des vestiges préservés du camp, un musée et des ressources éducatives qui permettent de comprendre l'histoire du camp et son rôle dans l'Holocauste. Près de 97 000 prisonniers sont passés par le système de Flossenbürg, et le mémorial veille à ce que leurs histoires et les leçons tirées de ce sombre chapitre de l'histoire ne soient pas oubliées.
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