John se trouvait à bord de l’un des nombreux petits navires venus porter secours au Corps expéditionnaire britannique (BEF), qui était encerclé dans la poche de Dunkerque. Aux côtés de la Royal Navy, ces nombreux petits bateaux ont contribué à l’évacuation de plus de 300 000 soldats depuis les plages.
John avait été engagé quelques mois plus tôt sur le Lady Rosebery en tant que cuisinier et troisième officier. Dans une lettre publiée dans les journaux après sa mort, il écrivait à sa famille :
« Chère maman, nous avons été placés sous le commandement de la Marine, nous partons aujourd’hui pour la France, je ne reviendrai peut-être jamais. Ne t’inquiète pas, John. »
Dans une lettre adressée à ses parents, le lieutenant-colonel Warner, qui commandait le Saint-Fagan cette nuit-là, racontait :
« Je l’aurais probablement renvoyé à terre si nous avions été à l’intérieur du port de Douvres, bien qu’il fût un jeune homme très courageux. Pour sa sécurité, j’ai demandé à ce que votre fils soit embarqué à bord du remorqueur. Nous sommes arrivés à notre position au large de Malo-les-Bains vers 3 h 40. Au moment de l’explosion du Saint-Fagan, je ne saurais dire où se trouvait votre fils. (...) Sur les vingt-six marins à bord, seuls huit ont été sauvés et nous en avons perdu dix-huit. »
Le corps de John Atkins n’a jamais été retrouvé, et son souvenir est honoré au mémorial de Tower Hill, à Londres. On se souvient de lui comme d’un membre de la marine marchande, sous le nom de matelot John Edward Atkins, âgé de 15 ans. Sa date de décès est indiquée comme étant le 1er juin 1940. Le nom de John figure sur le panneau 63 et fait partie des 36 050 noms de membres de la marine marchande qui ont été tués pendant la Première et la Seconde Guerre mondiale et dont la tombe est inconnue.