Die Bevölkerung in den Kernen in der Over-Betuwe hatte es schwer, da die Gewalt von beiden Seiten ausging. In Doornenburg, Gendt, Angeren, Huissen und Elden wurden Zivilisten durch alliierten Artilleriebeschuss getötet. Verwundete und Flüchtlinge fanden in Doornenburg im Kloster Maria Magdalena und im Schloss Doornenburg Schutz.
Am 2. Oktober 1944 flogen die Alliierten schwere Bombenangriffe auf das besetzte Doornenburg, bei denen viele Menschen zu Tode kamen. Verwundete wurden im Nonnenkloster, im Pfarrhaus und in der Burg versorgt, wo man eine Rotkreuzstelle eingerichtet hatte. Die Burg bot ca. 150 Menschen Platz: dem Bewohner, Untergetauchten, Alten, Verwundeten und Flüchtlingen.
Der Stellungskrieg, der Anfang Oktober begonnen hatte, brachte einen Evakuierungsstrom in Gang. Am 7. Oktober befahlen die Deutschen die Evakuierung der Einwohner von Doornenburg. Die Menschen flohen unter miserablen Bedingungen und ständigem Beschuss über die Flussdeiche und die Fähre über den Pannerdensch-Kanal vor der Gewalt des Krieges in den noch immer besetzten Norden. Bis März 1945 war die Burg in deutscher Hand. Im Januar 1945 zerstörten alliierte Bomber einen Teil der Burg, im März verwandelten Typhoons die Haupt- und die Vorburg in eine Ruine. Was noch stand, wurde von den Deutschen gesprengt.
Im Februar 1945 unternahmen die Alliierten einen definitiven Angriff Richtung Deutschland. Dieser führte am Ende zur Rheinüberquerung im März 1945. Am 2. April waren die Orte in der Over-Betuwe befreit. Nach 1945 beschloss die „Stiftung für den Erhalt der Doornenburg“, die Burg ein zweites Mal zu restaurieren.