Schützengräben führten mitten durch den vorderen Teil des Parks, und das Gebäude der ehemaligen Tierfutterfabrik auf dem Gelände wurde beschlagnahmt. Ursprünglich als Lagerhaus genutzt, diente es nun der Zubereitung von Mahlzeiten für die Tausenden von Soldaten, die rund um den Park stationiert waren. Außerdem wurden dort Militärpferde untergebracht.
In den acht Jahren seit seiner Eröffnung hatte sich der Park zu einem vollwertigen Zoo entwickelt, in dem alle wichtigen Tierarten, möglichst in großer Zahl, gehalten wurden. Die niederländische Militärführung bewertete das Vorhandensein so vieler Raubtiere jedoch als lebensbedrohliches Risiko. Im Falle eines deutschen Angriffs mussten die Tiergehege voraussichtlich von Granaten getroffen werden, und die Gefahr, dass Tiere entkommen könnten, war zu groß. Deshalb wurden die Tiere präventiv eingeschläfert.
Mit schwerem Herzen führte Direktor Cornelis Ouwehand den Befehl selbst aus. Er wollte die Tiere lieber eigenhändig einschläfern, als dies dem Militär zu überlassen. Ausnahmen bildeten lediglich die Eisbären – eine Mutter mit ihren beiden Jungen –, die er retten konnte. In seinem nach dem Krieg veröffentlichten Buch „Das Vaterland spricht zur Jugend“ schrieb Cor Ouwehand:
„Inmitten des Dröhnens deutscher Flugzeuge, die noch immer über uns fliegen, begleitet vom donnernden Flugabwehrfeuer, mache ich mich auf den schweren Weg an den Raubtiergehegen vorbei und versuche, meine Nerven so gut es geht im Zaum zu halten, um den Tieren kein unnötiges Leiden zuzufügen. Einer nach dem anderen fallen meine Löwen, Tiger und Bären …“
Major Landzaat und der Pavillon
Am 10. Mai 1940 erhielt Ouwehand den Befehl, den Park zu räumen, gemeinsam mit seinen Mitarbeitern. Der Bunker unter dem Wohnhaus wurde vom örtlichen Militärkommandanten beschlagnahmt. Die Kämpfe der folgenden Tage führten dazu, dass der größte Teil des Zoos zerstört wurde – trotz der tapferen Bemühungen von Major Willem Pieter Landzaat (1892–1940), Kommandeur des 1. Bataillons des 8. Infanterieregiments. Während der Schlacht am Grebbeberg verteidigten er und seine Männer den letzten Verteidigungspunkt: den sogenannten „Pavillon“ am Eingang des Ouwehands Dierenparks. Unter schwerem Beschuss hielt er seine Stellung, auch als die Lage aussichtslos wurde. Schließlich wurde er tödlich getroffen, nachdem er bis zum allerletzten Moment weiterhin Befehle erteilt hatte.
Nach der Kapitulation begann Ouwehand mit dem Wiederaufbau seines Parks. Dieser wurde 1942 erneut eröffnet. Als sich 1944 jedoch die alliierten Truppen näherten, wollten deutsche Soldaten die neu erworbenen Raubtiere erschießen und die übrigen Tiere als Nahrung schlachten. Um so viele Tiere wie möglich zu retten, transportierten die Tierpfleger sie in einer Karawane von Rhenen nach Veenendaal. Bis zum Kriegsende hatten noch viele Tiere die Kämpfe überlebt, sodass Ouwehand seinen Park ein drittes Mal wieder aufbauen konnte.
Später ließ die Witwe von Major Willem Pieter Landzaat zu seinem Gedenken ein kleines weißes Haus auf dem Gelände errichten. Dieses Haus steht noch heute. Major Landzaat wurde posthum für seine Tapferkeit und seine Aufopferungsbereitschaft ausgezeichnet. Er ist auf dem Militärfriedhof Grebbeberg beigesetzt.
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