Der Bunker wurde unter der Verantwortung der Organisation Todt von einer Baufirma aus dem nördlichen Groningen gebaut. Vom Fährhafen aus wurde eine Schmalspurbahn auf dem späteren Prins Bernhardweg verlegt, um das Baumaterial zur Düne zu transportieren. Die Konstruktion sollte ein modernes Radarsystem beherbergen, das in der Lage war, feindliche Flugzeuge auf große Entfernung aufzuspüren.
Gescheitertes Projekt
Das Radarsystem wurde jedoch nie in Betrieb genommen. Nach der Fertigstellung des Bunkers stellte sich heraus, dass sowohl die Installation als auch die Montage des Radarsystems schwer sabotiert worden waren. Eine hartnäckige Geschichte besagt, dass niederländische Bauarbeiter eine handgeschriebene deutsche Zahl falsch gelesen haben: Sie verwechselten eine "1" mit einer "7". Infolgedessen wurde die Anlage an jeder Stelle sechs Zentimeter zu groß gebaut, so dass der Radarmechanismus nicht mehr passte. Teile des Mastes lagen Berichten zufolge bis 1944 ungenutzt und unbrauchbar am Fuß der Düne.
Der Wassermann-Bunker wurde nur ein paar Mal benutzt. Er beherbergte kurzzeitig einen deutschen Flugleiter, der mit Hilfe eines kleinen Radarsystems Nachtjäger aus Leeuwarden anleitete, um alliierte Bomber abzufangen. Doch die groß angekündigte Radarstation kam nie zustande: Der Wassermann auf Schiermonnikoog wurde zu einem völlig gescheiterten Projekt.
Die Nachkriegszeit
Nach 1945 wurde der Bunker teilweise abgetragen und im Laufe der Jahre zunehmend vom Flugsand bedeckt.
1989 übernahm Natuurmonumenten das Gelände, machte den Bunker wieder zugänglich und stellte Informationstafeln auf.
Heute steht der Wassermann-Bunker als Symbol – sowohl für das deutsche Bestreben, die Watteninseln zu militarisieren, als auch für die Sabotage und den stillen Widerstand, die selbst während der Besatzungszeit möglich waren.