Ab 1942 hatte Den Helder den Status eines "Verteidigungsbereiches", was bedeutete, dass es als ein strategisch wichtiges Gebiet galt, in dem Heer, Marine und Luftwaffe stationiert waren. Hunderte von leichten Bunkern und 88 schwere bombensichere Bunker wurden gebaut. Küstenbatterien sollten feindliche Schiffe abwehren. Die Stadt selbst wurde schrittweise evakuiert, und Ende 1944 waren nur noch sehr wenige Zivilistinnen und Zivilisten übrig. Nur 7.000 Menschen hatten einen Ausweis, der es ihnen erlaubte, in der Stadt zu arbeiten. Nahezu zweitausend Häuser wurden von der deutschen Armee zerstört, weitere zweitausend durch Bombardierungen vernichtet.
Die wichtigsten Festungen innerhalb der Verteidigungsstellung waren Fort Kijkduin und Fort Dirksz Admiraal. Fort Kijkduin war nicht in erster Linie für Kampfeinsätze gedacht, sondern diente vor allem als Unterkunft und Ausbildungsstätte für das Marineartilleriepersonal. Dort wurden Versammlungen abgehalten und es diente auch als Beobachtungsposten. Eine Telefonverbindung führte von Norwegen nach Den Helder und bildete eine Kommunikationslinie entlang des Atlantikwalls. Im Fort Dirksz Admiraal, das 1811 erbaut wurde, war eine große Flugabwehrbatterie installiert, die dort noch heute zu sehen ist.
Die südliche Grenze des Verteidigungsbereichs lag am Panzergraben bei Julianadorp, der den Flugplatz De Kooi schützen sollte. Die deutsche Luftwaffe errichtete in den Dünen mehrere Radaranlagen, um feindliche Flugzeuge aufzuspüren und ihre eigenen zu steuern.
Nach dem Krieg wurden einige Bunker vollständig abgerissen, weil sie dem Küstenschutz im Wege standen. Verschiedene Bunker im Dünengebiet wurden mit Sand bedeckt, zum Beispiel die Flakanlagen nahe der Ortschaft Huisduinen. Diese befanden sich bereits auf höherem Gelände, und die zusätzliche Sandbedeckung erhöhte die Düne noch weiter.
Heute sind alle wichtigen Stätten, die mit der Kriegsgeschichte Den Helders zu tun haben, durch eine spezielle Route (zu Fuß oder mit dem Fahrrad) verbunden. Die Route beginnt am Fort Kijkduin und ist 12 Kilometer lang.