Am Morgen des 10. Mai 1940 landeten deutsche Fallschirmjäger im benachbarten Bonnepolder und wurden mit Luftlandetruppen eingesetzt. Es handelte sich um einen Navigationsfehler, da sie eigentlich Den Haag erreichen sollten, um die Königin und das Kabinett gefangen zu nehmen. Eine Gruppe von etwa 130 deutschen Soldaten verschanzte sich am Waldrand und wartete auf weitere Befehle. Die niederländischen Verteidiger feuerten von der Insel Rozenburg und dem alten Fort Maasmond aus mit Kanonen und starteten auch einige Bodenangriffe, die die gut bewaffneten deutschen Truppen abwehren konnten. Nach fünftägigen Kämpfen kapitulierten die Niederlande.
Oberst Erich Neumann befehligte die deutschen Truppen in der Festung Hoek Van Holland. Er war ein eifriger Offizier, der seine Männer oft rigoros trainieren ließ. Ende 1942 rückte der kriegszerstörte Wald wieder in ihr Blickfeld. An der Ostseite errichteten sie das Hauptquartier der Festung. Siebzehn große Bunker wurden ringförmig angelegt. In ihnen wurden Truppen und Munition untergebracht, außerdem gab es einen großen Kommandobunker und einen Lazarettbunker mit chirurgischen Einrichtungen. Sie waren in verschiedenen Tarnmustern gestrichen und mit großen Netzen abgedeckt. Zwischen den Bäumen war der große Komplex nur schwer auszumachen. Ein Waschhaus und eine große gemauerte Halle für Freizeitaktivitäten wurden ebenfalls errichtet.
Nach dem Krieg nutzte die Königlich Niederländische Marine die Bunker als Munitionsdepot. Schilder mit der Aufschrift "Gevaar Radioactieve Stoffen" (Gefahr radioaktiver Stoffe) führten zu Gerüchten, dass dort Atomsprengköpfe gelagert wurden. In den 1980er Jahren wurde der Munitionskomplex stillgelegt und der Wald an die Zuid-Hollands Landschap übertragen. Ein gemauertes Eingangstor mit einem Wachhaus am Parkplatz Staelduinlaan erinnert noch immer an die Präsenz der niederländischen Armee.
Das Waschhaus und die Halle wurden zu Beginn dieses Jahrhunderts abgerissen. Die anderen Bunker sind erhalten geblieben, aber jetzt geschlossen, da sie Teil eines Fledermausreservats sind. Die geschützten Säugetiere überwintern in dem milden, feuchten Klima der Bunker und genießen die Ruhe und den Frieden. Von den Wanderwegen aus kann man die riesigen, mit Moos bewachsenen Betonbauten noch von außen sehen. Am einfachsten sind sie im Winter zu beobachten, wenn die Bäume keine Blätter tragen, aber im Sommer ist es beeindruckend, wie vollständig sie mit der Natur verschmelzen.
In der nordöstlichen Ecke des Waldes steht ein zweites, kleineres deutsches Bunkerhauptquartier. Es beherbergte eine untergeordnete Kompanie und ist von der Straße aus nur durch den Zaun sichtbar. Ungefähr in der Mitte des Waldes befindet sich das Besucherzentrum d'Oude Koestal. Während des Krieges beschlagnahmten die Deutschen das Bauernhaus und den Stall. Auf der hohen Düne in der Nähe befand sich einst ein Aussichtsturm, von dem aus man über die Bäume hinweg bis zum Nieuwe Waterweg sehen konnte. Daneben war ein Flugabwehrgeschütz aufgestellt.
Ganz im Westen des Waldes stehen ein betonierter Mannschaftsunterstand und eine Garage für Panzerabwehrartillerie. In der Nähe, versteckt zwischen dichtem Gestrüpp, befinden sich Ziegelbauten für Truppen, Proviant, Wasser und Munition. Sie gehörten zu einer leichten Feldbatterie. Die deutschen Kanoniere sollten vom Wald aus auf die Strände schießen, wo die Landungsboote der Alliierten die Truppen ausschiffen sollten.