Im Juli 1940 beschlagnahmten die deutschen Besatzer die inzwischen imposante Villa und richteten dort ein Peilzentrum ein. Hier wurde aktiv nach den Funksendern des Widerstands gesucht. Sobald ein Signal empfangen wurde, machten sich die Soldaten mit einem Peilwagen auf den Weg, um den Standort zu lokalisieren. Dem Widerstand gelang es jedoch häufig, dem zuvorzukommen, indem die Sender rasch verlegt wurden.
Ab 1944 wurde die Villa zusätzlich als regionales Luftüberwachungszentrum der Luftwaffe genutzt, ein sogenanntes Klein-Flugwachkommando (Klein-Fluko). Dieses Zentrum war ein bedeutender Knotenpunkt im weit verzweigten Kommunikationsnetz der Luftwaffe in den besetzten Gebieten. Zuvor war es in Baracken im Waldgebiet Kattennest nördlich von Doetinchem untergebracht.
Das Klein-Fluko war Teil der Kammhuberlinie, eines deutschen Radarnetzwerks zur Luftüberwachung in Westeuropa. Die Luftwaffe entwickelte ein System, mit dem sich Flugbewegungen per Funksignal präzise verfolgen ließen. Dies geschah unter anderem in Peilzentralen nördlich von Arnheim. Diese Stationen waren mit dem Bunker Diogenes bei Schaarsbergen verbunden, einem gewaltigen Betonbau aus dem Jahr 1943, von dem aus die deutsche Luftverteidigung koordiniert wurde.
Im zentralen Saal befand sich eine große Mattglaskarte mit Darstellungen der Niederlande sowie von Teilen Belgiens und Deutschlands. Rund vierzig Luftnachrichtenhelferinnen verarbeiteten dort die Radardaten. Im Falle einer feindlichen Bedrohung wurden diese Informationen umgehend an den Flugplatz Deelen weitergeleitet, wo deutsche Jagdflugzeuge einsatzbereit warteten.