Daher führten die Alliierten mehrere Luftangriffe auf die Bahnlinie durch. Am 14. Oktober 1944 versuchten drei Staffeln britischer Flugzeuge, die IJsselbrücken zu zerstören. Innerhalb von weniger als 15 Minuten warfen sie ihre Bomben ab – doch die Brücken blieben weitgehend unversehrt. Stattdessen trafen fast alle Bomben die Stadt, mit verheerenden Folgen: Rund 100 Menschen kamen ums Leben. Auch das prächtige Bahnhofsgebäude wurde schwer beschädigt. Das heutige Gebäude wurde 1952 wiederaufgebaut und ist mittlerweile als nationales Denkmal geschützt.
Noorderhaven
Bei der Bombardierung am 14. Oktober 1944 wurde das Gebiet rund um den Bahnhof schwer getroffen. Die Büros und Lagerhäuser der Firma Reesink & Co., die schräg hinter dem Bahnhof lagen, wurden stark beschädigt oder vollständig zerstört. Während der Befreiung von Zutphen am 6. und 7. April 1945 kam es zu schweren Kämpfen rund um die Industriegebäude. Auch nachdem sich die deutschen Truppen nach De Hoven zurückgezogen hatten, wurden diese Gebäude noch eine Woche lang mehrfach von Granaten getroffen.