Dank Agterkamps Kontakten konnten die beiden Flieger einige Tage später mit dem Zug über Zutphen nach Amsterdam weiterreisen. In Leiden wurden sie jedoch aufgegriffen und verhaftet. Durch Verrat innerhalb der Widerstandsgruppe wurden auch Besselink und Agterkamp festgenommen und ins Oranjehotel gebracht. Beide wurden zum Tode verurteilt und am 17. November 1941 in den Dünen bei Bloemendaal von einem Erschießungskommando hingerichtet.
Über die Hinrichtung
Martin Schouten, ein Cousin von Jan Agterkamp, schrieb am 20. November 1996 in der Volkskrant:
„Meine Mutter erzählte mir einmal von einem Pfarrer, der am Tag der Hinrichtung bei ihnen gewesen war. Laut dem Pfarrer war Onkel Jan damals guter Dinge und wirklich bereit zu sterben. Doch dann kam die Nachricht, dass die Hinrichtung verschoben worden sei, und da war er völlig enttäuscht. Eine Woche später war es dann so weit, die Hinrichtung wurde vollstreckt, aber da war er nicht mehr so gefasst ...“