Die Kehrseite war jedoch, dass die Eisenbahn nun auch für den Transport von Truppen und Kriegsmaterial durch die Deutschen genutzt wurde. Im Auftrag der Besatzer baute die NS sogar die Bahnstrecke zum Durchgangslager Westerbork, und erzielte damit beträchtliche Einnahmen. Wegen ihrer strategischen Bedeutung wurden die Bahnstrecken regelmäßig Ziel von Sabotageaktionen des Widerstands sowie von Luftangriffen der Alliierten. Auch die Verbindung Zutphen–Deventer wurde dabei zerstört. Erst Ende September 1944 rief die niederländische Exilregierung die Eisenbahner zum Streik auf. Rund 30.000 Bahnmitarbeiter legten die Arbeit nieder – der Streik dauerte bis zur Befreiung an.