Im ersten Jahr der Beschlagnahmung wurde auf dem Oxerhof eine Funktelegrafieausbildung durch den Sicherheitsdienst (SD) eingerichtet. Diese dauerte nur bis zum Sommer 1944 und war von geringer historischer Bedeutung. Im Herbst 1944 zog auch die Abteilung Fuhrparkverwaltung aus Den Haag hierher um.
Im November 1944 wurde der Oxerhof auch als Durchgangsgefängnis für die Verhör- und Haftanstalten des SD in Deventer genutzt. Kurz zuvor war dort ein SD-Ermittlungsdienst eingerichtet worden (Einsatzkommando Deventer). Dieser Dienst operierte in einem großen Gebiet, das den Salland und die IJsselregion umfasste, und befasste sich mit dem Aufspüren und Verhören von Juden, Untergetauchten, Widerständlern und Deserteuren. Durch mehrere erfolgreiche Verhaftungen und Verratsaktionen wurde die Zerschlagung des Widerstands in der gesamten Region zu einem Schneeballeffekt.
Infolgedessen stieg die Zahl der Gefangenen rasch an. Die ersten Verhöre fanden in Deventer in der Brinkgreven- und Assenstraat statt. Danach wurden die Gefangenen in der Regel nach Oxerhof verlegt, wo sie auf ihr Schicksal warteten. Jede Form von normaler Inhaftierung fehlte hier. Der Mangel an Nahrung und Hygiene, die schlechten und überfüllten Zellen, der Schlafmangel und die Kälte des nahenden Winters untergruben sofort die Widerstandskraft der Häftlinge. Außerdem waren die Verhöre fast immer mit schwerer körperlicher Gewalt verbunden. Auch tagsüber waren schwere Arbeiten wie Holzhacken und Wartungsarbeiten erforderlich, und manchmal wurden die Verhöre fortgesetzt.
Richter wurden in diesen letzten Kriegsmonaten nicht mehr eingesetzt: Der SD entschied eigenständig über die Strafen. Die Exekutionen wurden zunächst an anderen Orten durchgeführt, fanden aber zunehmend auf dem Oxerhof selbst statt, meist durch Erhängen. Das bekannteste Beispiel ist die Auslieferung von 21 Oxerhof-Gefangenen, die im März 1945 bei Woeste Hoeve nach einem Angriff auf Rauter erschossen wurden. Oxerhof entwickelte sich zu einem Konzentrationslager.
Anfang April 1945 näherte sich das kanadische Bataillon der Royal Winnipeg Rifles dem Oxerhof. Der Krieg konnte hier jeden Moment zu Ende gehen, und der SD begann, seine Spuren auf dem Gut zu verwischen.
Am Donnerstag, den 5. April 1945, befanden sich 42 Gefangene auf dem Oxerhof. Die Wachen erhielten eine Liste mit 32 Häftlingen, die entlassen werden sollten. Dies waren die so genannten "leichten Fälle". Die übrigen zehn wurden als "schwere politische Fälle" eingestuft und mussten getötet werden. Darunter waren drei Juden und sieben illegale Arbeiter. Die Chefs überließen es den Wachleuten, wie sie die Hinrichtung durchführen wollten. Die bekannten Scharfrichter betranken sich und sagten später, sie hätten die zehn erschossen, nachdem sie zunächst eine große Grube auf dem verlassenen Gelände ausheben mussten, "um die Beweise zu verstecken". Die Realität sah jedoch ganz anders aus. Am Freitagnachmittag, dem 6. April, trafen die kanadischen Befreier auf dem Oxerhof ein und fanden die Grube mit Leichen vor. Keiner der Toten wies Schusswunden auf. Alle waren entsetzlich verstümmelt: Prellungen, gebrochene Gliedmaßen und zertrümmerte Schädel. Sie waren alle zu Tode geprügelt worden.
Ende April 1945 begann für den Oxerhof das letzte Kapitel des Krieges. Die kanadische Spionageabwehr richtete hier ein provisorisches Vernehmungszentrum ein, das Camp 030. Außerdem wurde ein provisorischer Friedhof für 46 gefallene kanadische Soldaten eingerichtet. Noch drei Monate lang wurden viele verhaftete verdächtige Zivilisten und Militärangehörige auf dem Gutshof zu ihrer Kriegsvergangenheit befragt. Dann wurde es endgültig still um Oxerhof.