Kiedy w lipcu 1944 r. Armia Czerwona zbliżała się do Lublina, Żydzi ze znajdującego się tam obozu koncentracyjnego na Majdanku zostali przetransportowani do obozu Stutthof. W tym samym czasie do obozu trafiło 23 600 żydowskich więźniów z Auschwitz-Birkenau, z których większość stanowiły Węgierki, oraz 10 000 więźniów z getta w Kownie. Transporty nasiliły się w sierpniu 1944 r., a kierowane były głównie z obozów i gett w miastach krajów bałtyckich, zwłaszcza Rygi, Wilna i Kowna. Zjawisko to ilustrują statystyki: w czerwcu 1944 r. tylko 3% z 37 600 więźniów obozu Stutthof było pochodzenia żydowskiego, podczas gdy po nasileniu deportacji w obozie znalazło się około 50 000 więźniów żydowskich. 98% z nich stanowiły kobiety tego wyznania, które szybko stały się najliczniejszą grupą wśród więźniów.
Liczne transporty doprowadziły do szybkiego przeludnienia obozu Stutthof, a co za tym idzie do dalszego pogorszenia warunków, w jakich przetrzymywano więźniów. Mieszkali oni w bardzo prymitywnych warunkach, jakimi były przepełnione baraki pozbawione jakiejkolwiek infrastruktury sanitarnej. Więźniowie starali się przetrwać na głodowych racjach żywnościowych.
W połowie 1944 r. komora dezynfekcyjna znajdująca się w obozie została przekształcona w komorę gazową, która jednorazowo mogła uśmiercić grupę od 25 do 30 osób. Do stycznia 1945 r. w komorze tej zamordowano około 9400 żydowskich więźniów. W owym zimowym miesiącu z obozu Stutthof wyruszył pierwszy marsz śmierci, pozostawiając w obozie około 7000 żydowskich kobiet, z których zaledwie 1500 przeżyło wojnę - niektóre pozostały w obozie do jego wyzwolenia, innym udało się przetrwać kolejne marsze śmierci.