W styczniu 1945 roku Armia Czerwona zbliżyła się na odległość 50 km od obozu Stutthof. Wtedy Niemcy podjęli decyzję o ewakuacji obozu i jego podobozów. 25 stycznia 1945 r., po porannym apelu o godzinie czwartej, około 37 000 więźniów zostało wyprowadzonych z głównego obozu. Maszerowali przez tydzień, by w końcu dotrzeć do obozów położonych na wschód od Gdańska. W okropnych warunkach zimowych i praktycznie bez jedzenia, wielu więźniów zmarło z wycieńczenia, a ci, którzy nie byli w stanie iść dalej, zostali zabici przez niemieckich strażników. Po umieszczeniu w nowych obozach, więźniowie nadal cierpieli z powodu głodu i chorób. Szacuje się, że podczas marszów śmierci życie straciło około 20 000 osób.
Około 5000 więźniów z podobozów Stutthof wyprowadzono na wybrzeże Bałtyku. Tam zmuszono ich do wejścia do lodowatej wody, po czym nastąpiły masowe rozstrzeliwania. Około 12 000 więźniów pozostawiono w obozie i podobozach, gdzie wybuchła epidemia tyfusu. W dniach 25 i 27 kwietnia 1945 r. rozpoczęły się kolejne ewakuacje więźniów, których celem było przedostanie się przez morze do Flensburga i Lubeki. Połowa ewakuowanych zmarła podczas transportu, a ich nagie ciała wyrzucano do Bałtyku. Gdy zbliżali się do Lubeki, tamtejsze władze niemieckie nie pozwoliły więźniom zejść na ląd. W rezultacie prawie wszyscy zostali zabici. Łącznie podczas tego marszu zginęło około 7000 więźniów.
Kiedy 9 maja 1945 r. Armia Czerwona wyzwoliła obóz Stutthof, znalazła w nim tylko około 150 pozostałych przy życiu więźniów.