W styczniu 1945 roku Armia Czerwona zbliżyła się na odległość 50 km od obozu Stutthof. Wtedy niemieckie władze podjęłydecyzję o ewakuacji obozu i jego podobozów. 25 stycznia 1945 r., po porannym apelu o godzinie czwartej, około 37 000 więźniów zostało wyprowadzonych z głównego obozu. Maszerowali przez tydzień, by w końcu dotrzeć do prowizorycznych obozów położonych na zachód od Gdańska. W trudnych warunkach zimowych, praktycznie bez dostępu do jedzenia, wielu więźniów zmarło z wycieńczenia, a ci, którzy nie byli w stanie iść dalej, byli zabijani przez niemieckich strażników. Po umieszczeniu w nowych obozach, więźniowie nadal cierpieli z powodu głodu i chorób. Szacuje się, że podczas marszów śmierci życie straciło około 20 000 osób.
Około 5000 więźniów z podobozów Stutthof wyprowadzono na wybrzeże Zalewu Wiślanego. Tam zmuszono ich do wejścia do lodowatej wody, po czym nastąpiły masowe rozstrzeliwania. Około 12 000 więźniów pozostawiono w i podobozach i obozie głównym, gdzie wybuchła epidemia tyfusu. W dniach 25 i 27 kwietnia 1945 r. rozpoczęły się kolejne etapy ewakuacji więźniów, których celem było przewiezienie ich przez morze do Flensburga i Lubeki w Niemczech. Połowa ewakuowanych zginęła lub zmarła podczas transportu, a ich nagie ciała wyrzucano do Bałtyku. Gdy barki z więźniami zbliżały się do Lubeki, tamtejsze władze niemieckie nie pozwoliły znajdującym się na niej więźniom zejść na ląd. W rezultacie prawie wszyscy zostali zabici. Łącznie w tej części ewakuacji zginęło około 7000 więźniów. Kiedy 9 maja 1945 r.
Armia Czerwona wyzwoliła obóz Stutthof, znajdowało się w nim tylko około 150 pozostałych przy życiu więźniów.