Już na długo przed wybuchem wojny naziści planowali utworzyć w Wolnym Mieście Gdańsku obóz dla tzw. „niepożądanych elementów polskich”. Od 1936 r. bacznie obserwowano polskie organizacje, a specjalny oddział SS poszukiwał miejsc pod budowę obozów dla internowanych. Obóz Stutthof rozpoczął działalność 2 września 1939 r., zaledwie dzień po rozpoczęciu wojny. Tego samego dnia do obozu przybył pierwszy transport więźniów, wśród których znaleźli się polscy politycy, nauczyciele, działacze społeczni i duchowni (łącznie ok. 150 osób). Wizyta Heinricha Himmlera w listopadzie 1941 r. miała na celu ustalenie, czy obóz Stutthof może uzyskać status państwowy, co ostatecznie nastąpiło w styczniu następnego roku. Od lata 1944 r. obóz stał się miejscem masowej eksterminacji.
W momencie szczytowej rozbudowy, obóz rozciągał się na powierzchni 120 hektarów i składał się z 39 podobozów. Łącznie przez obóz przeszło około 110 000 więźniów, mimo że początkowo został on utworzony dla lokalnych polskich działaczy, niewygodnych dla władz nazistowskich. Wśród więźniów byli Polacy, Żydzi, Rosjanie, Ukraińcy, Białorusini, Litwini, Łotysze, Estończycy, Czesi, Słowacy, Finowie, Norwegowie, Francuzi, Duńczycy, Holendrzy, Belgowie, Niemcy, Austriacy, Anglicy, Hiszpanie, Włosi, Jugosłowianie, Węgrzy i Romowie. Podczas pobytu w obozie byli oni poddawani przymusowej pracy, a także cierpieli wskutek niedożywienia, fatalnych warunków sanitarnych i chorób, co prowadziło do psychicznych i fizycznych męczarni. Badania wykazały, że około 65 000 osób zmarło w wyniku nieludzkich warunków bytowania, a także egzekucji przez rozstrzelanie, powieszenie, zagazowanie, śmiercionośny zastrzyk, bicie i tortury, a także z powodu trudnych warunków i mordów podczas ewakuacji drogą lądową i morską.
Stutthof został wyzwolony 9 maja 1945 r. przez 48 Armię 3 Frontu Białoruskiego, która odnalazła w opuszczonym obozie około 150 więźniów.