Już na długo przed wybuchem wojny miejscowi naziści planowali utworzyć w Wolnym Mieście Gdańsku obóz dla tzw. „niepożądanych elementów polskich”. Od 1936 r. bacznie obserwowano polskie organizacje, a specjalny oddział SS poszukiwał miejsc pod budowę obozów dla internowanych. Obóz Stutthof rozpoczął działalność 2 września 1939 r., zaledwie dzień po rozpoczęciu wojny. Tego samego dnia do obozu przybył pierwszy transport więźniów, wśród których znaleźli się polscy politycy, nauczyciele, działacze społeczni i duchowni (łącznie ok. 150 osób). Wizyta Heinricha Himmlera w listopadzie 1941 r. miała na celu ustalenie, czy obóz Stutthof może uzyskać status państwowego obozu koncentracyjnego, co ostatecznie nastąpiło w styczniu następnego roku. Od lata 1944 r. obóz stał się miejscem masowej eksterminacji Żydów.
W momencie szczytowej rozbudowy, obóz rozciągał się na powierzchni 120 hektarów i składał się z 39 podobozów., Mimo że początkowo został on utworzony jako miejsce osadzenia niewygodnych dla władz nazistowskichdziałaczy organizacji społecznych i politycznych z północnej Polski, łącznie przez obóz przeszło około 110 000 więźniów. Wśród więźniów byli Polacy, Żydzi, Rosjanie, Ukraińcy, Białorusini, Litwini, Łotysze, Estończycy, Czesi, Słowacy, Finowie, Norwegowie, Francuzi, Duńczycy, Holendrzy, Belgowie, Niemcy, Austriacy, Anglicy, Hiszpanie, Włosi, Jugosłowianie, Węgrzy i Romowie. Podczas pobytu w obozie byli oni poddawani przymusowej pracy, a także cierpieli wskutek niedożywienia, fatalnych warunków sanitarnych i chorób, co prowadziło do psychicznego i fizycznegowyniszczenia. Badania historyków i prokuratorów wykazały, że
około 65 000 osób zginęło i zmarło w obozie Stutthof w wyniku nieludzkich warunków bytowych, a także egzekucji przez rozstrzelanie, powieszenie, zagazowanie, śmiercionośne zastrzyki, bicie i tortury, a także z powodu trudnych warunków i mordów popełnianych przez strażników podczas ewakuacji drogą lądową i morską.
Stutthof został wyzwolony 9 maja 1945 r. przez 48 Armię 3 Frontu Białoruskiego Armii Czerwonej. W opuszczonym przez SS obozie było wtedy około 150 więźniów.